Pemilihan program studi atau jurusan ini selain akan menentukan profesi setelah kelulusan juga berkaitan erat dengan proses pendidikan utamanya mengenai materi-materi pembelajaran selama masa pendidikan.
Secara umum, Sekolah Tinggi Intelijen Negara ini tersedia untuk jenjang S1, S2, dan program doktoral S3.
Pada jenjang S1, STIN membuka 4 jurusan pendidikan yakni Agen Intelijen, Teknologi Intelijen, Cyber Intelijen, dan Ekonomi Intelijen.
Sedangkan jurusan program pascasarjana atau S2 STIN tersedia jurusan Magister Terapan Intelijen Medik Chemistry dan Nuclear Hazard Biological Hazard, Magister Terapan Intelijen Medik, Magister Terapan Teknologi dan Cyber dan Magister Terapan Intelijen Ekonomi, Magister Kajian Intelijen.
Kemudian terakhir pada Program Doktoral (S3) tersedia satu jurusan yaitu, Analisis Strategi Intelijen.
Demikian daftar prodi atau jurusan yang ada di Sekolah Tinggi Intelijen Negara (STIN) dari jenjang S1, S2 dan S3.***